下準備。
主人公の現在座標取得イベントを組んでおく。←定期的処理で変数に主人公の座標を代入するだけ。

使用変数。
「主人公Ｘ座標」「主人公Ｙ座標」「決定キー押す」の三つで「定期的に並列処理」でイベント。

説明。
一番最初の「Ｘ座標」と「Ｙ座標」の条件分岐は「指定範囲の左上の座標」で数値は文字通り飛行禁止にしたい区域の始まりの座標です。
次の条件分岐は「指定範囲の右下の座標」で「左上以上・右下以下」と指定することで「四角形」で範囲内に主人公がいるかどうかを判別します。丁寧に説明するならばマップ座標Ｘは右に行くほど値が大きくなり、Ｙ座標は下に行くほど値が大きくなる。「右下以下」と条件分岐をつけることでそこよりＸもＹも右下の値より大きな座標は範囲外として処理されるようになります。

で、飛行船着陸禁止処理について。
条件分岐で「飛行船に乗っている」とし、キー入力処理で決定キーを指定し、条件分岐で変数「決定キーを押す」の値を「５と同値」で分岐します。これで飛行船に乗っているときに決定キーを押すという動作を感知します。つまり降りるってこと。
で、次が一番肝心。
ウェイト処理で「0.5秒」「0.0秒」「0.0秒」「0.0秒」とします。
これは必ずこういうウェイトの組み方をしてください。でないとうまく動作しません。
あとはウェイト後「乗り物の乗降」で降りた飛行船に再び乗せます。

ちなみにラベルを入れることで複数の範囲を禁止にしたい時「左上と右下座標」を条件分岐しておいてラベルで飛ばせば簡単に処理できます。